Môi trường biển có thể bị hủy hoại bởi một số kĩ thuật đánh bắt cá nguy hiêm.Trong đó[5] Đánh bắt bằng thuốc nổ và đánh cá bằng xyanua, là bất hợp pháp ở nhiều nước,gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường xung quanh. Đánh cá bằng thuốc nổ làhoạt động sử dụng chất nổ để đánh bắt cá. Đánh bắt bằng xyanua làhoạt động sử dụng xyanua để gây choáng cho cá để đánh bắt. Hai hoạt động này phổ biến trong việc buôn bán cá cảnh và buôn bán cá sống. Những hoạt động này mang tính nguy hiểm bởi chúng ảnh hưởng đến sinh cảnh biển mà các san hô đang sống sau khi những con cá bị chết đi bởi hóa chất. Hoạt động kéo lưới đáy,một hoạt động kéo lưới đánh cá dọc theo đáy biển phía sau tàu lưới kéo,đã giết chết khoảng 5 đến 25% các sự sống dưới biển chỉ trong một lần chạy.[6] Hầu hết các tác động là do hoạt động đánh bắt cá thương mại.[7] Một báo cáo năm 2005 của Dự án Thiên niên kỷ Liên hợp quốc do Tổng thư ký Liên hợp quốc Kofi Annan ủy quyền đã khuyến nghị loại bỏ nghề đánh bắt kéo lưới đáy trên biển vào năm 2016 để bảo vệ các núi dưới đáy biển và các môi trường sinh thái nhạy cảm khác. Nhưng điều này đã không được thực hiện.

Vào giữa tháng 10 năm 2006, Tổng thống Hoa Kỳ George W. Bush đã cùng các nhà lãnh đạo thế giới khác kêu gọi tạm hoãn đánh lưới dưới đáy biển sâu, hoạt động này thường gây ra những tác hại đối với môi trường sống ở biển và bao gồm cả quần thể cá.[8] Nhưng không có hành động thực tế nào được thực hiện sau cuộc kêu gọi (Vivek). Hệ sinh thái dưới nước của động vật biển cũng có thể bị sụp đổ trong tương lai do chuỗi thức ăn bị phá hủy.

Ngoài ra, đánh bắt ma cũng là một mối đe dọa lớn do đánh bắt thủy sản.[9] Đánh bắt ma xảy ra khi một chiếc lưới đánh cá, chẳng hạn như lưới rê hoặc lưới kéo, bị mất hoặc bị vứt bỏ trên biển và trôi dạt trong đại dương và các sinh vật biển vẫn có thể bị mắc kẹt trong những chiếc lưới đó. Theo Bộ Quy tắc Ứng xử của FAO về Nghề cá có Trách nhiệm, các Quốc gia nên có những hành động thiết thực để giảm thiểu số lượng ngư cụ bị thất lạc và bị bỏ rơi, và nỗ lực hơn để giảm thiểu tình trạng đánh bắt ma[10]